Rではggplot2やplotlyを使うと簡単にbubble plotを描画できますが、標準のplotを使ってもそんなに手間暇でもないです。より楽ができて、見栄えのするggplot2かplotlyの利用をお勧めしますが。 1. データセット 以下のデータセットをプロットすることを考えま…

Rで簡単にフローチャートやシーケンス図やER図を描いてくれるDiagrammeRパッケージで生成した図を、標準的な方法でR Markdown Format for reveal.js Presentationsで使おうとしたら、微妙に挙動不審なhtmlが出来上がったので、問題の回避策を記しておきたい…

なるべく避けた方が良い気がするのですが、Rでもバイナリのデータを扱えます。0から255の範囲を整数のpack形式と、0か1のunpack形式のraw型として処理されるのですが、C言語あたりから入った人だとややこしく感じるかも知れません*1。 1. pack/unpack形式のr…

数理モデルの数値解析や統計解析では、パラメーターを色々といじったり、変数や分析期間を変えたりして計算をやり直したり、結果の一部分を切り取って参照したいときがあります。プログラムをぽちぽちと変えていけば実現できるわけですが、ぱっと見ではその…

今まで一度たりとも作る必要を感じたことがなく、言語定義を見ても特段何も書いていないようなので、関数呼び出しへの代入（？）はユーザー定義はでき無いのかなと思っていた*1のですが、ヘルプを見ていたら*2 The functions 'dim' and 'dim などと書いてあ…

実用上はRの関数の引数は値渡しと理解しておけばよいのですが、引数を他の変数に代入したり、関数の中の関数呼び出しで使ったりする前は、参照渡しになっています。実際、 fn1 <- function(x) x^2 fn2 <- function(x, fn){ rm("fn1", envir = parent.env(env…

Edgeworth Box以前に描いたコードを整理しなおしたと言うか、手計算で微分して均衡や契約曲線を求めていたのでどちらかと言うと作り直したものですが、applyやwhichやexpressionなどに慣れるのに良さそうだったので。数値解析で均衡点を求めているので、初期…

説明用です。他のプログラミング言語の連想配列/マップ/ハッシュと同様に使えるわけですが、[ ]と[[ ]]の使い分けがややこしいですね。 # 空リストを作成 lst <- list() # リストを作成 lst <- list("a"=123, "b"=456, "c"=789) # ベクターをリストに変えて…

以前書いたエントリーを見直していて、操作を手早く紹介する例をつくっておきたくなりました。文字列型や数値型の日付データを、タイムゾーンUTCでのUNIX秒を保持するクラスPOSIXctか、日付構造体になっているリストPOSIXlt型に変換して操作して、文字列型に…

反復測定分散分析をlme4パッケージとmiceパッケージを使った線形混合モデル*1×多重代入法で行なう作業を確認したので公開します*2。以前のエントリー「反復測定分散分析を主観ベイズ推定に置き換えよう」で、こっちの方が楽と書いたのですが、欠損値補定がや…

標準のNetlib BLASよりも高速な線形代数ライブラリOpenBLASをリンクしたR 4.1.xを使ってきたのですが、今年から4.2系が標準になるようです。古いRを使い続けていると、更新されたパッケージを使うときに警告で出て目障りなので、バージョンアップをしてみま…

TJO氏にふられた質問で、反復測定分散分析（repeated measures anova）をベイズ推定に置き換えられないかと言う話があったので、質問文から想定される状況を整理し、欠損値補定をFully Bayesian Imputation Method *1で、モデル比較をBayes Factorで行なうコ…

線形回帰などでベイズ統計学を用いる利点は何なのかと言う御題が流れていました。ざっと思いつくところで、 主観的事前分布で、データ以外の情報を加味できる （同じことだが）逐次ベイズ推定にできる 信頼区間よりも信用区間の方が解釈がしやすい 有意水準…